Rumah Sakit Pendidikan
Proses pembelajaran untuk Program Studi Profesi Dokter dilakukan di RS pendidikan dan jejaring serta berbagai wahana pendidikan. FK Usakti bekerja sama dengan 12 Rumah Sakit pendidikan (utama, jejaring maupun satelit) serta beberapa puskemas untuk menjamin kepaniteraan klinis berlangsung sesuai standar nasional pendidikan kedokteran dan tidak terjadi stagnasi stase dalam prosesnya. Pengaturan rotasi setiap stase dilakukan secara online dibawah pengawasan Prodi sehingga memudahkan akses bagi Prodi dan mahasiswa.
Daftar Rumah sakit pendidikan dan wahana kepaniteraan klinis:

1. Rumah sakit pendidikan

1. Rumah Sakit Angkatan Laut Dr. Mintohardjo
2. Rumah Sakit Umum Daerah Budhi Asih 
3. Rumah Sakit Pusat Angkatan Udara Dr. Esnawan Antariksa
4. Rumah Sakit Umum Daerah Karawang
5. Rumah Sakit Umum Daerah Cilegon
6. Rumah Sakit Umum Kardinah Tegal
7. Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Soeselo Slawi
8. Rumah Sakit Umum Daerah KRMT W ongsonegoro Kota Semarang 
9. Rumah Sakit Kusta Sitanala 
10. Rumah Sakit DR.H. Marzoeki Mahdi Bogor
11. Rumah Sakit Jiwa DR Soeharto Heerdjan
12. Rumah Sakit Jiwa Magelang

2. Puskesmas wilayah DKI Jakarta
   1. Puskesmas Tebet
   2. Puskesmas Cilandak
   3. Puskesmas Mampang Prapatan
   4. Puskesmas Pasar Minggu
   5. Puskesmas Jagakarsa
   6. Puskesmas Pesanggrahan

3. Fakultas Kedokteran Negeri untuk Kepaniteraan Ilmu Kedokteran Forensik

1. Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada – Yogyakarta
2. Fakultas Kedokteran Unversitas Diponegoro – Semarang